第一章 数据库的物理/逻辑结构

第一章和第二章简单介绍了一些PostgreSQL的基础知识,有助于读者理解后续章节的内容。本章包括以下几个主题:

  • 数据库集簇(database cluster) 的逻辑结构
  • 数据库集簇的物理结构
  • 堆表(heap table) 文件的内部布局
  • 从表中读写数据的方式

如果你已经熟悉这些内容,可以跳过本章。

1.1 数据库集簇的逻辑结构

数据库集簇(database cluster) 是一组 数据库(database) 的集合,由一个PostgreSQL服务器管理。第一次听到这个定义也许会令人疑惑,PostgreSQL中的术语“数据库集簇”,并非 意味着“一组数据库服务器”。 一个PostgreSQL服务器只会在单机上运行并管理单个数据库集簇。

图1.1展示了一个数据库集簇的逻辑结构。 数据库(database)数据库对象(database objects) 的集合。 在关系型数据库理论中,数据库对象是用于存储或引用数据的数据结构。 (堆)表是一个典型的例子,还有更多种对象,例如索引,序列,视图,函数等。 在PostgreSQL中数据库本身也是数据库对象,并在逻辑上彼此分离。 所有其他的数据库对象(例如表,索引等)归属于各自相应的数据库。

图1.1 数据库集簇的逻辑结构

在PostgreSQL内部,所有的数据库对象都通过相应的 对象标识符(Object Identifiers, OID) 进行管理,这些标识符是无符号的4字节整型。数据库对象与相应OID之间的关系存储在相应的系统目录中,依具体的对象类型而异。 例如数据库和堆表对象的OID分别存储在pg_databasepg_class中,因此当你希望找出OID时,可以执行以下查询:

sampledb=# SELECT datname, oid FROM pg_database WHERE datname = 'sampledb';
 datname  |  oid  
----------+-------
 sampledb | 16384
(1 row)

sampledb=# SELECT relname, oid FROM pg_class WHERE relname = 'sampletbl';
  relname  |  oid  
-----------+-------
 sampletbl | 18740 
(1 row)

1.2 数据库集簇的物理结构

数据库集簇在本质上就是一个文件目录,名曰 基础目录(base directory) ,包含着一系列子目录与文件。 执行 initdb 命令会在指定目录下创建基础目录从而初始化一个新的数据库集簇。 通常会将基础目录的路径配置到环境变量PGDATA中,但这并不是必须的。

图1.2 展示了一个PostgreSQL数据库集簇的例子。 base子目录中的每一个子目录都对应一个数据库,数据库中每个表和索引都会在相应子目录下存储为(至少)一个文件;还有几个包含特定数据的子目录,以及配置文件。 虽然PostgreSQL支持表空间(Tablespace),但该术语的含义与其他RDBMS不同。 PostgreSQL中的表空间对应一个包含基础目录之外数据的目录。

图1.2 数据库集簇示例

后续小节将描述数据库集簇的布局,数据库的布局,表和索引对应的文件布局,以及PostgreSQL中表空间的布局。

1.2.1 数据库集簇的布局

官方文档中描述了数据库集簇的布局。 表1.1中列出了主要的文件与子目录:

表 1.1 基本目录下的数据库文件和子目录的布局(参考官方文档)

文件 描述
PG_VERSION 包含PostgreSQL主版本号
pg_hba.conf 控制PosgreSQL客户端认证
pg_ident.conf 控制PostgreSQL用户名映射
postgresql.conf 配置参数
postgresql.auto.conf 存储使用ALTER SYSTEM修改的配置参数(9.4或更新版本)
postmaster.opts 记录服务器上次启动的命令行选项
子目录 描述
base/ 每个数据库对应的子目录存储于此
global/ 数据库集簇范畴的表(例如pg_database),以及pg_control文件。
pg_commit_ts/ 事务提交的时间戳数据(9.5及更新版本)。
pg_clog/ (9.6-) 事务提交状态数据(9.6及更老版本),在版本10中被重命名为pg_xact。CLOG将在5.4节中描述
pg_dynshmem/ 动态共享内存子系统中使用的文件(9.4或更新版本)。
pg_logical/ 逻辑解码的状态数据(9.4或更新版本)。
pg_multixact/ 多事务状态数据
pg_notify/ LISTEN/NOTIFY状态数据
pg_repslot/ 复制槽数据(9.4或更新版本)。
pg_serial/ 已提交的可串行化事务相关信息(9.1或更新版本)
pg_snapshots/ 导出快照(9.2或更新版本)。 PostgreSQL函数pg_export_snapshot在此子目录中创建快照信息文件。
pg_stat/ 统计子系统的永久文件
pg_stat_tmp/ 统计子系统的临时文件
pg_subtrans/ 子事务状态数据
pg_tblspc/ 指向表空间的符号链接
pg_twophase/ 两阶段事务(prepared transactions)的状态文件
pg_wal/ (10+) WAL( Write Ahead Logging)段文件(10或更新版本),从pg_xlog重命名而来。
pg_xact/ (10+) 事务提交状态数据,(10或更新版本),从pg_clog重命名而来。CLOG将在5.4节中描述。
pg_xlog/ (9.6-) WAL(Write Ahead Logging) 段文件(9.6及更老版本),它在版本10中被重命名为pg_wal

1.2.2 数据库布局

一个数据库与base子目录下的一个子目录对应;且该子目录的名称与相应数据库的OID相同。 例如当数据库sampledb的OID为16384时,它对应的子目录名称即为16384。

$ cd $PGDATA
$ ls -ld base/16384
drwx------  213 postgres postgres  7242  8 26 16:33 16384

1.2.3 表与索引相关文件的布局

每个小于1GB的表或索引都在相应的数据库目录中存储为单个文件。在数据库内部,表和索引作为数据库对象是通过OID来管理的,而这些数据文件则由变量relfilenode管理。 表和索引的relfilenode值通常与其OID一致,但也有例外,下面将详细展开。

让我们看一看表sampletbloidrelfilenode

sampledb=# SELECT relname, oid, relfilenode FROM pg_class WHERE relname = 'sampletbl';
  relname  |  oid  | relfilenode
-----------+-------+-------------
 sampletbl | 18740 |       18740 
(1 row)

从上面的结果可以看出oidrelfilenode值相等。还可以看到表sampletbl的数据文件路径是base/16384/18740

$ cd $PGDATA
$ ls -la base/16384/18740
-rw------- 1 postgres postgres 8192 Apr 21 10:21 base/16384/18740

表和索引的relfilenode值会被一些命令(例如TRUNCATEREINDEXCLUSTER)所改变。 例如对表 sampletbl执行TRUNCATE,PostgreSQL会为表分配一个新的relfilenode(18812),删除旧的数据文件(18740),并创建一个新的数据文件(18812)。

sampledb=# TRUNCATE sampletbl;
TRUNCATE TABLE

sampledb=# SELECT relname, oid, relfilenode FROM pg_class WHERE relname = 'sampletbl';
  relname  |  oid  | relfilenode
-----------+-------+-------------
 sampletbl | 18740 |       18812 
(1 row)

在9.0或更高版本中,内建函数pg_relation_filepath能够根据OID或名称返回关系对应的文件路径,非常实用。

sampledb=# SELECT pg_relation_filepath('sampletbl');
pg_relation_filepath 
----------------------
base/16384/18812
(1 row)

当表和索引的文件大小超过1GB时,PostgreSQL会创建并使用一个名为relfilenode.1的新文件。如果新文件也填满了,则会创建下一个名为relfilenode.2的新文件,依此类推。

译者注:数据库系统中的 表(Table) 与关系代数中的 关系(Relation) 关系紧密但又不尽相同。在PostgreSQL中,表,索引,TOAST表都归类为关系。

$ cd $PGDATA
$ ls -la -h base/16384/19427*
-rw------- 1 postgres postgres 1.0G  Apr  21 11:16 data/base/16384/19427
-rw------- 1 postgres postgres  45M  Apr  21 11:20 data/base/16384/19427.1
...

在构建PostgreSQL时,可以使用配置选项--with-segsize更改表和索引的最大文件大小。

仔细观察数据库子目录就会发现,每个表都有两个与之相关联的文件,后缀分别为_fsm_vm。这些实际上是空闲空间映射(free space map)可见性映射(visibility map) 文件,分别存储了表文件每个页面上的空闲空间信息与可见性信息(更多细节见第5.3.4节第6.2节)。索引没有可见性映射文件,只有空闲空间映射文件。

一个具体的示例如下所示:

$ cd $PGDATA
$ ls -la base/16384/18751*
-rw------- 1 postgres postgres  8192 Apr 21 10:21 base/16384/18751
-rw------- 1 postgres postgres 24576 Apr 21 10:18 base/16384/18751_fsm
-rw------- 1 postgres postgres  8192 Apr 21 10:18 base/16384/18751_vm

在数据库系统内部,这些文件(主体数据文件,空闲空间映射文件,可见性映射文件等)也被称为相应关系的 分支(fork) ;空闲空间映射是表/索引数据文件的第一个分支(分支编号为1),可见性映射表是数据文件的第二个分支(分支编号为2),数据文件的分支编号为0。

译者注:每个 关系(relation) 可能会有四种分支,分支编号分别为0,1,2,3,0号分支main为关系数据文件本体,1号分支fsm保存了main分支中空闲空间的信息,2号分支vm保存了main分支中可见性的信息,3号分支init是很少见的特殊分支,通常用于不被日志记录(unlogged)的表与索引。

每个分支都会被存储为磁盘上的一到多个文件:PostgreSQL会将过大的分支文件切分为若干个段,以免文件的尺寸超过某些特定文件系统允许的大小,也便于一些归档工具进行并发复制,默认的段大小为1GB。

1.2.4 表空间

PostgreSQL中的 表空间(Tablespace) 是基础目录之外的附加数据区域。 在8.0版本中引入了该功能。

图1.3展示了表空间的内部布局,以及表空间与主数据区域的关系。

图 1.3 数据库集簇的表空间

执行CREATE TABLESPACE语句会在指定的目录下创建表空间。而在该目录下还会创建版本特定的子目录(例如PG_9.4_201409291)。版本特定的命名方式为:

PG_主版本号_目录版本号

举个例子,如果在/home/postgres/tblspc中创建一个表空间new_tblspc,其oid为16386,则会在表空间下创建一个名如PG_9.4_201409291的子目录。

$ ls -l /home/postgres/tblspc/
total 4
drwx------ 2 postgres postgres 4096 Apr 21 10:08 PG_9.4_201409291

表空间目录通过pg_tblspc子目录中的符号链接寻址,链接名称与表空间的OID值相同。

$ ls -l $PGDATA/pg_tblspc/
total 0
lrwxrwxrwx 1 postgres postgres 21 Apr 21 10:08 16386 -> /home/postgres/tblspc

如果在该表空间下创建新的数据库(OID为16387),则会在版本特定的子目录下创建相应目录。

$ ls -l /home/postgres/tblspc/PG_9.4_201409291/
total 4
drwx------ 2 postgres postgres 4096 Apr 21 10:10 16387

如果在该表空间内创建一个新表,但新表所属的数据库却创建在基础目录下,那么PG会首先在版本特定的子目录下创建名称与现有数据库OID相同的新目录,然后将新表文件放置在刚创建的目录下。

sampledb=# CREATE TABLE newtbl (.....) TABLESPACE new_tblspc;

sampledb=# SELECT pg_relation_filepath('newtbl');
             pg_relation_filepath             
----------------------------------------------
 pg_tblspc/16386/PG_9.4_201409291/16384/18894

1.3 堆表文件的内部布局

在数据文件(堆表,索引,也包括空闲空间映射和可见性映射)内部,它被划分为固定长度的页(pages),或曰 区块(blocks),大小默认为8192字节(8KB)。 每个文件中的页从0开始按顺序编号,这些数字称为区块号(block numbers)。 如果文件已填满,PostgreSQL通过在文件末尾追加一个新的空页来增长文件。

页面内部的布局取决于数据文件的类型。本节会描述表的页面布局,因为理解接下来的几章需要这些知识。

图 1.4. 堆表文件的页面布局

表的页面包含了三种类型的数据:

  1. 堆元组(heap tuples) —— 堆元组就是数据记录本身。它们从页面底部开始依序堆叠。第5.2节第9章会描述元组的内部结构,这一知识对于理解PostgreSQL并发控制与WAL机制是必须的。

  2. 行指针(line pointer) —— 每个行指针占4个字节,保存着指向堆元组的指针。它们也被称为项目指针(item pointer)。行指针简单地组织为一个数组,扮演了元组索引的角色。每个索引项从1开始依次编号,称为偏移号(offset number)。当向页面中添加新元组时,一个相应的新行指针也会被放入数组中,并指向新添加的元组。

  3. 首部数据(header data) —— 页面的起始位置分配了由结构PageHeaderData定义的首部数据。它的大小为24个字节,包含关于页面的元数据。该结构的主要成员变量为:

    • pd_lsn —— 本页面最近一次变更所写入XLOG记录对应的LSN。它是一个8字节无符号整数,与WAL机制相关,第9章将详细展开。
    • pd_checksum —— 本页面的校验和值。(注意只有在9.3或更高版本才有此变量,早期版中该字段用于存储页面的时间线标识)
    • pd_lowerpd_upper —— pd_lower指向行指针的末尾,pd_upper指向最新堆元组的起始位置。
    • pd_special —— 在索引页中会用到该字段。在堆表页中它指向页尾。(在索引页中它指向特殊空间的起始位置,特殊空间是仅由索引使用的特殊数据区域,包含特定的数据,具体内容依索引的类型而定,如B树,GiST,GiN等。
    /* @src/include/storage/bufpage.h */
    
    /*
     * 磁盘页面布局
     *
     * 对任何页面都适用的通用空间管理信息
     *
     *		pd_lsn		- 本页面最近变更对应xlog记录的标识。
     *		pd_checksum - 页面校验和
     *		pd_flags	- 标记位
     *		pd_lower	- 空闲空间开始位置
     *		pd_upper	- 空闲空间结束位置
     *		pd_special	- 特殊空间开始位置
     *		pd_pagesize_version - 页面的大小,以及页面布局的版本号
     *		pd_prune_xid - 本页面中可以修剪的最老的元组中的XID.
     *
     * 缓冲管理器使用LSN来强制实施WAL的基本规则:"WAL需先于数据写入"。直到xlog刷盘位置超过
     * 本页面的LSN之前,不允许将缓冲区的脏页刷入磁盘。
     *
     * pd_checksum 存储着页面的校验和,如果本页面配置了校验。0是一个合法的校验和值。如果页面
     * 没有使用校验和,我们就不会设置这个字段的值;通常这意味着该字段值为0,但如果数据库是从早于
     * 9.3版本从 pg_upgrade升级而来,也可能会出现非零的值。因为那时候这块地方用于存储页面最后
     * 更新时的时间线标识。 注意,并没有标识告诉你页面的标识符到底是有效还是无效的,也没有与之关
     * 联的标记为。这是特意设计成这样的,从而避免了需要依赖页面的具体内容来决定是否校验页面本身。
     *
     * pd_prune_xid是一个提示字段,用于帮助确认剪枝是否有用。目前对于索引页没用。
     *
     * 页面版本编号与页面尺寸被打包成了单个uint16字段,这是有历史原因的:在PostgreSQL7.3之前
     * 并没有页面版本编号这个概念,这样做能让我们假装7.3之前的版本的页面版本编号为0。我们约束页面
     * 的尺寸必须为256的倍数,留下低8位用于页面版本编号。
     *
     * 最小的可行页面大小可能是64字节,能放下页的首部,空闲空间,以及一个最小的元组。当然在实践中
     * 肯定要大得多(默认为8192字节),所以页面大小必需是256的倍数并不是一个重要限制。而在另一端,
     * 我们最大只能支持32KB的页面,因为 lp_off/lp_len字段都是15bit。
     */
    typedef struct PageHeaderData
    {
    	PageXLogRecPtr 	pd_lsn;			/* 最近应用至本页面XLog记录的LSN */
    	uint16			pd_checksum;	/* 校验和 */
    	uint16		  	pd_flags;		/* 标记位,详情见下 */
    	LocationIndex 	pd_lower;		/* 空闲空间起始位置 */
    	LocationIndex 	pd_upper;		/* 空闲空间终止位置 */
    	LocationIndex 	pd_special;		/* 特殊用途空间的开始位置 */
    	uint16		  	pd_pagesize_version;
    	TransactionId 	pd_prune_xid; 	/* 最老的可修剪XID, 如果没有设置为0 */
    	ItemIdData		pd_linp[FLEXIBLE_ARRAY_MEMBER]; /* 行指针的数组 */
    } PageHeaderData;
    
    
    /* 缓冲区页中的项目指针(item pointer),也被称为行指针(line pointer)。
     *
     * 在某些情况下,项目指针处于 “使用中”的状态,但在本页中没有任何相关联的存储区域。
     * 按照惯例,lp_len == 0 表示该行指针没有关联存储。独立于其lp_flags的状态. 
     */
    typedef struct ItemIdData
    {
    	unsigned	lp_off:15,		/* 元组偏移量 (相对页面起始处) */
    				lp_flags:2,		/* 行指针的状态,见下 */
    				lp_len:15;		/* 元组的长度,以字节计 */
    } ItemIdData;
    
    /* lp_flags有下列可能的状态,LP_UNUSED的行指针可以立即重用,而其他状态的不行。 */
    #define LP_UNUSED		0		/* unused (lp_len必需始终为0) */
    #define LP_NORMAL		1		/* used (lp_len必需始终>0) */
    #define LP_REDIRECT		2		/* HOT 重定向 (lp_len必需为0) */
    #define LP_DEAD			3		/* 死元组,有没有对应的存储尚未可知 */
    

行指针的末尾与最新元组起始位置之间的空余空间称为空闲空间(free space)空洞(hole)

为了识别表中的元组,数据库内部会使用元组标识符(tuple identifier, TID)。TID由一对值组成:元组所属页面的区块号,及指向元组的行指针的偏移号。TID的一种典型用途是索引,更多细节参见第1.4.2节

结构体PageHeaderData定义于src/include/storage/bufpage.h中。

此外,大小超过约2KB(8KB的四分之一)的堆元组会使用一种称为 TOAST(The Oversized-Attribute Storage Technique,超大属性存储技术) 的方法来存储与管理。详情请参阅PostgreSQL文档

1.4 读写元组的方式

本章的最后将描述读取与写入堆元组的方式。

1.4.1 写入堆元组

让我们假设有一个表,仅由一个页面组成,且该页面只包含一个堆元组。 此页面的pd_lower指向第一个行指针,而该行指针和pd_upper都指向第一个堆元组。 如图1.5(a)所示。

当第二个元组被插入时,它会被放在第一个元组之后。第二个行指针被插入到第一个行指针的后面,并指向第二个元组。 pd_lower更改为指向第二个行指针,pd_upper更改为指向第二个堆元组,如图1.5(b)。 页面内的首部数据(例如pd_lsnpg_checksumpg_flag)也会被改写为适当的值,细节在第5.3节第9章中描述。

图1.5 堆元组的写入

1.4.2 读取堆元组

这里简述两种典型的访问方式:顺序扫描与B树索引扫描:

  • 顺序扫描 —— 通过扫描每一页中的行指针,依序读取所有页面中的所有元组,如图1.6(a)。
  • B树索引扫描 —— 索引文件包含着索引元组,索引元组由一个键值对组成,键为被索引的列值,值为目标堆元组的TID。进行索引查询时,首先使用键进行查找,如果找到了对应的索引元组,PostgreSQL就会根据相应值中的TID来读取对应的堆元组 (使用B树索引找到索引元组的方法请参考相关资料,这一部分属于数据库系统的通用知识,限于篇幅这里不再详细展开)。例如在图1.6(b)中,所获索引元组中TID的值为(区块号 = 7,偏移号 = 2), 这意味着目标堆元组是表中第7页的第2个元组,因而PostgreSQL可以直接读取所需的堆元组,而避免对页面做不必要的扫描。

图 1.6 顺序扫描和索引扫描

PostgreSQL还支持TID扫描位图扫描(Bitmap-Scan仅索引扫描(Index-Only-Scan)

TID扫描是一种通过使用所需元组的TID直接访问元组的方法。 例如要在表中找到第0个页面中的第1个元组,可以执行以下查询:

sampledb=# SELECT ctid, data FROM sampletbl WHERE ctid = '(0,1)';
 ctid  |   data    
-------+-----------
 (0,1) | AAAAAAAAA
(1 row)

sampledb=# EXPLAIN SELECT ctid, data FROM sampletbl WHERE ctid = '(0,1)';
                        QUERY PLAN
----------------------------------------------------------
 Tid Scan on sampletbl  (cost=0.00..1.11 rows=1 width=38)
   TID Cond: (ctid = '(0,1)'::tid)

仅索引扫描将在第7章中详细介绍。

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